Si Wattwiller est mondialement réputée pour son eau, son réseau hydrographique est réduit.
Le Silberlochrunz, le Siehlbaechle et le cours aval du Fluhbaechle sont ses seuls cours d’eau permanents.

 
Le Siehlbaechle, originaire des flancs du Molkenrain, présente un régime torrentiel ponctué de cascades.

Ce cours d’eau passe au droit du village sur son flanc sud le long du chemin du Rechen qui débouche sur l'usine d'embouteillage au bas du village.

Le Fluhbaechle, prend sa source sur les hauteurs du Herrenfluh avant de rejoindre le Siehlbaechle.

Le Silberlochrunz, prend sa source en aval du site du Hartmannswillerkopf et du col du Silberloch et passe au droit du village sur son flanc nord et pour partie en empruntant des aménagements sous-terrains pour ressortir à l'air libre le long de la rue de Staffelfelden en direction de la Placette Impériale.

Il est en partie visible notamment à la retenue d’eau « barrage » qui se trouve au bas de la rue de la Cantine, face au Complexe Krafft. Ce site a fait l’objet d’un réaménagement des berges par le Syndicat des rivières en 2017. A l’issue, une renaturation des berges a été effectuée. Le choix s'est naturellement porté sur une petite ripisylve du type saulaie. Ont donc été installés 3 saules (pourpre, vert et cendré) autant pour leurs qualités décorative (floraison printanière et bois coloré en hiver) que faunistique (plante hôte des papillons, fortement mellifère et pollinifère).

Ce cours d'eau est par ailleurs visible au travers des aménagements paysagers (mares) de certains jardins situés dans le haut de la rue de la Cantine.